طبیب زبردست گرگانی، در سال ۵۰۴ هجری رهسپار خوارزم و دربار قطب‌الدین‌محمد سرسلسله خوارزمشاهیان که دربارش مجمع فضلا و دانشمندان بود شد. وی در خوارزم مسئولیت بیمارستان بزرگ آن دیار را پذیرفت.
حکیم سید‌اسماعیل جرجانی در اولین سال حضورش در خوارزم تدوین کتاب عظیم خود «ذخیره خوارزمشاهی» را که مرتبط با علم پزشکی بود به پایان برد. نکته جالب اینجاست که در آن عصر که زبان عربی در ایران بزرگ رایج بود حکیم جرجانی آثارش را به زبان پارسی نگاشته است.
ذخیره خوارزمشاهی(گنجینه خوارزم شاه ۱۱۱۲م) قدیمیترین دایرة المعارف پزشکی در زبان فارسی است که به دلیل اهمیتی که پیدا کرد به سه زبان اردو، عبری و ترکی هم ترجمه شده است. علت نامگذاری این کتاب به نام «ذخیره خوارزمشاهی»، محل زندگی او یعنی خوارزم بود. کتاب ذخیره خوارزمشاهی تا زمان صفویه یعنی بعد ۶۰۰ سال از تالیف آن رایج ترین کتاب پزشکی بود.
جرجانی خود در باب تفصیل کتاب در مقدمهٔ اثر میگوید :
"و خاصیت این کتاب تمامی است از بهر آنکه قصد کرده آمده است تا اندر هر بابی آنچه طبیب را اندر آن باب بباید دانست از علم و عمل به تمامی یاد کرده آید و معلوم است که بر این نسق هیچ کتابی موجود نیست.[...] و این کتاب چنان جمع کرده آمده است که طبیب را اندر هیچ باب به هیچ کتاب دیگر حاجت نباشد و به سبب بازگشتن به کتابهای بسیار، خاطر پراکنده نشود."
ذخیره خوارزمشاهی از ۱۰ جلد با مقدمه ای طولانی تشکیل شده است که یکی از اولین آنها به طور وسیع ساختار بدن انسان را شرح داده است که شامل تمام اطلاعات آناتومی تا آن زمان بوده است. کتاب ذخیره خوارزمشاهی از نظر فصل بندی بسیار شبیه به کتاب قانون ابن سینا است ولی جرجانی برخی از جزئیات ارائه شده توسط جالینوس و ابن سینا را مورد انتقاد قرار داده است. برای نمونه در آناتومی عصب بینایی بر خلاف ابن سینا، نظریه جالینوس را قبول دارد. جلد های ذخیره خوارزمشاهی به شرح زیر است :
جلد اول : آناتومی و فیزیولوژی
جلد دوم : پاتوفیزیولوژی عمومی
جلد سوم : بهداشت و تغذیه
جلد چهارم : تشخیص افتراقی بیماریها
جلد پنجم : تب و طبقه بندی آن
جلد ششم : درمان
جلد هفتم : بیماریهای عفونی
جلد هشتم : زیبا شناسی
جلد نهم : سم شناسی
جلد دهم : فارماکولوژی
با توجه به اینکه پزشکان قدیمی ایرانی جهان را متشکل از چهار ماده آتش، آب، خاک و هوا میدانستند و در کتاب های خود به آنها اشاره میکردند، کتاب ذخیره خوارزمشاهی هم از این قانون مستثنی نبود. با توجه به این قانون، ۹ حالت را برای انسان تعریف کرده بودند. ۴ تا ساده و۴ تا ترکیبی(دموی، صفرایی، مالیخولیایی، بلغمی) و یک حالت هم نرمال و ایده ال بود. این خو و عادت ها متفاوت با سن و حتی با آب و هوا و چهار فصل سال و چهار جهت جغرافیای بود.
صفحه ای از جلد اول ذخیره خوارزمشاهی
جرجانی چندین جلد از کتاب خود را به بیماریهای پزشکی اختصاص داده بود. در جلد هفتم، جرجانی به طور ظریف عفونت های پوستی را معرفی میکند و بر اساس نوع زخم آنها را دسته بندی می کند. او همچنین برای سلامتی پوست فصل جداگانه ایرا در نظر می گیرد.
در بحث فوق العاده و شگفت انگیز تومورها، ضایعات را به دو دسته نرم و سخت به نام های ساغیروس و سرطان دسته بندی میکند. او معتقد بود که سرطان در زنان بیشتر است و تشخیص آن در مراحل اولیه سخت است و زمانی میتوانیم آن را تشخیص دهیم که دیگر نمی توانیم آن را درمان کنیم. او در ادامه می افزاید که اگر سرطان دور از اندام های حیاتی باشد باید آن را به طور کامل و با ریشه هایش قطع کرد و او در ادامه توضیح میدهد که چگونه سینه زنی را که مبتلا به سرطان سینه بود به این صورت درمان کرده است.
جرجانی علاوه بر ذخیره خوارزمشاهی دارای آثار دیگری در زمینه علم پزشکی همچون خفی‌علایی، طب الملوکی، الاغراض‌الطبیه، ذوبدات الطب نیز میباشد که بسیاری از آنان راهگشای طبیبان آن عصر و نیز مشخص‌کننده روش پزشکان گذشته برای طبیبان فعلی میباشد. از این روست که بسیاری جرجانیرا در ترازوی زمان یکی از بزرگترین پزشکان آن عصر دنیا نامیده‌اند.
یکی از آثار جرجانی که در بالا نام برده شد خفی علایی است، این اولین کتاب راهنمایی در مورد پزشکی است. این کتاب طوری بود که همیشه سربازان و جنگجویان خوارزمی آن را در چکمه های خود نگه داری می کردند. دو کتاب الاغراض الطبیه و خفیه (یا خوفیه) العلاج دو کتابی هستند که جرجانی به طور خلاصه از ذخیره خوارزمشاهی خلاصه نویسی کرده بود تا دانشجویان پزشکی از آن به عنوان کتاب راهنما استفاده کنند.
جرجانی تمام شرایط جغرافیایی، آب هوایی و بیماریهای رایج محل زندگی خود را با جزئیات تمام ذکر کرده است. همچنین ذکر شده است که او اولین کسی بود که رابطه گواتر و اگزوفتالمی را کشف کرد.
مسلم است که جرجانی تحت تاثیر عمیق دین و عرفان اسلامی بود. شخصیت دینی و معرفتی سید در سراسر مباحث مربوط به علم اعمال بدن آدمی ( فیزیولوژی) منعکس است. تاثیر ایمان عمیق به اراده و مشیت الهی هم در حد اعلای آن در آثار جرجانی مشهود میباشد. اشارات مکرر جرجانی به عنایت ایزدی و ستایش حق تعالی در سراسر کتاب ذخیره خوارزمشاهی به چشم می‌خورد.
شخصیت جرجانی از ورای آثارش مشهود است. مردی دقیق، در حد وسواس، خوشخو، خوش برخورد، موشکاف و اهل میانه روی و عارف بود. بیهقی او را «مردی جدی، یار و همراه و سخاوتمند» وصف کرده است. در واقع مردی بود که در جامعه و با جامعه خود می‌زیست و به هیچ روی محصور در مطالعات و تالیفات خود نبود. ابن‌ابی‌اصیبعه او را «پزشکی بزرگ که دارای شایستگی بسیار و علم فراوان بود» معرفی کرده است.
او پزشک دربار بود و در این مقام، افزون بر درمان معمولی رایج در آن عصر، رایزن دربار در رشته‌های مختلف نیز بود و به هرگونه پرسش سلطان درباره علوم ط‌بیعی پاسخ می‌گفت. او همچنین پزشک نظامی نیز بود و این از فصلهایی از کتابش که به زخمهای سوارکاران و آسیبهای پوست و زخمهای ناشی از جنگ اختصاص داده است، معلوم می‌شود. نکته جالب این است که تنها موردی که در اغراض الطبیه به چشم پزشکی اشاره دارد، مربوط به زخم پیکان در چشم است. او همچنین پزشک مردم بود و به احوال و شرایط زندگی مردم توجه داشت و به شیوه های نادرست غذایی آنان خرده می‌گرفت و توصیه هایی می‌کرد.
جرجانی مردی متدین و یکی از حلقه‌های زنجیر نقل احادیث و عارفی دل سوخته بود. قرائن و دلایل قوی بر تشیع سید وجود دارد و حشر و نشر وی با بزرگان علمای اسلام اعم از سنی و شیعه نشانه سعه صدر و جامع‌نگری اوست که هر کجا کسی را می‌یافت که می‌توانست از او بهره علمی و معرفتی ببرد درنگ نمی‌کرد و بیشترین استفاده معرفتی را از شیخ ابوالقاسم عبدالکریم قشیری می‌نمود.
کتاب ذخیره خوارزمشاهی از زمان تالیف به بعد همواره جزو ارکان کتب طبی شمرده می‌شده است و بنا به قولی، هر که می‌خواست در پزشکی ماهر شود می‌بایست یکی از کتابهای سته عشر جالینوس، حاوی محمد بن زکریای رازی، قانون ابن سینا، کتاب المائه ابوسهل مسیحی و ذخیره خوارزمشاهی سید اسمعیل جرجانی را به دقت مطالعه کرده باشد.
جرجانی بعدها به مرو پایتخت سلطان سنجر بن ملکشاه سلجوقی رفت و در همان جا فوت کرد. پزشک گرگانی که ۹۷ سال عمر کرد بیشتر از دید مشاهدات آزمایشگاهی به تشخیص بیماریها پرداخته و از این رو علاوه بر ذکر نام او به عنوان پدر علوم آزمایشگاهی، سالروز تولد او ۳۰ فروردین را در ایران روز علوم آزمایشگاهی نام نهاده‌اند.
همچنین دانشگاه علوم پزشکی تهران جایزه معتبر پزشک برگزیده خود را به نام حکیم جرجانی نامگذاری کرده است.
